Цитата: Я правильно понимаю, что это должен быть РКО, в котором стоят даты и суммы выплаты?
Обычно это платежная ведомость с датой и личной подписью работника, но можно оформить и РКО (только смотрите, чтобы бывший работник не оба документа вам подписал, иначе при проверке это могут интерпретировать как выдачу двух одинаковых сумм).
Цитата: (этот документ в налоговую не подается).
Только по требованию, инициативно подавать точно не надо.
Цитата: Только сейчас на р/сч. у ИП появились денежные средства, чтобы оплатить НДФЛ.
Оправданием это служить никак не может. Хоть в долг надо было взять и на счет положить, чтобы вовремя перечислить в бюджет налог, удержанный с работника.
Цитата: И ИП уже в этом году просто оплачивает НДФЛ?
Нет, не просто. Нужно начислить набежавшие с тех пор пени и перечислить их в бюджет в один день с перечислением налога (реквизиты те же, разница только в КБК).
Ну и поскольку НДФЛ вовремя не перечислен, налоговики давно уже должны были оштрафовать ИП по ст. 123 НК РФ. А если этого не случилось, то скорее всего 6-НДФЛ была заполнена неправильно. Но этот вопрос лучше обсуждать в отдельной теме.